やはり、imcomplete lineage sorting（「不完全遺伝子系統仕分け」）の問題は、遺伝子やゲノムのDNA配列データから系統樹を構築するときの中心的課題として取られてきています。
特に問題なのは、concatenationといって、各遺伝子の塩基配列データを繋いで長い1本の配列データとして系統樹の問題点があきらかになってきました。つまり、長い配列データをもつ遺伝子に大きく影響を受けてしまうために、この遺伝子が正しくspecies treeを反映していないと誤った系統関係を与えてしまうことです。
皮肉なことに、ブーツトラップ値(bootstrap value)を上げるために、できるだけ長い配列を使うことを奨励されていることが、逆に問題になります。
ハーバード大学からのScot Edwards教授は、この点をISEGBの基調講演で指摘しました。
