啐啄同時

若手研究者を応援するオヤジ研究者の独白的な日記です。

HiSeq4000の使い道

HiSeq 3000/4000のパンフレット

「実績のあるHiSeq 2500を基盤とし、革新的な整列化フローセルを採用したHiSeq 3000 / HiSeq 4000システムは、圧倒的なスピードとパフォーマンスをお届けします。2フローセル対応のHiSeq 4000システムでは、複数アプリケーションにおいて最も高いスループットと経済的なコストを可能にします。1フローセル対応のHiSeq 3000システムでも、同様の経済的なコストと迅速なラン時間をご提供します。」

「HiSeq 3000/HiSeq 4000 仕様
仕様

パフォーマンスパラメーター
HISEQ 3000 システム HISEQ 4000 システム
ランあたりのフローセル数 1 1 or 2
パスフィルタークラスター数 21〜25億 43〜50億
(シングルリード)
クオリティ値 150bp x2で75%以上の塩基がQ30 150bp x2で75%以上の塩基がQ30
1日あたりのデータ量 > 200 Gb > 400 Gb
ラン時間 1〜3.5日以内 1〜3.5日以内
ランあたりのヒト全ゲノム* 〜6サンプル 〜12サンプル
ランあたりの
ヒト全エクソーム** 〜90サンプル 〜180サンプル
ランあたりの
トランスクリプトーム*** 〜50サンプル 〜100サンプル
サポートしているライブラリー調製キット
DNA:
 ・TruSeq Nano DNA
 ・TruSeq DNA PCR-Free
RNA:
 ・TruSeq RNA v2
 ・TruSeq Stranded mRNA
 ・TruSeq Stranded Total RNA
 ・TruSeq RNA Access
Exome:
 ・Nextera Rapid Capture Exome
据付け仕様はイルミナのPhiXコントロールライブラリーを使い、サポート内のクラスター密度(1265〜1422Kクラスター/mm2パスフィルター)を基にしています。ラン時間はシーケンスのみを含みます。パフォーマンスはサンプルのクオリティ、クラスター密度、およびその他の実験要因に応じて変わることがあります。」